西安音乐学院音乐学系正式组建于1994年。其前身可以追溯到20世纪50年代初成立的“民间音乐教研组”、60年代成立的“共同课教研室”、1980年成立的“民族民间音乐研究室”和1988年成立的音乐研究所。目前设有中国音乐教研室、西方音乐教研室、综合理论教研室。目前正式在编人员共17人，主讲教师14人，行政干部3人。教师中，教授1人、副教授3人、讲师6人；7人具有博士学位，5人具有硕士学位，2人具有学士学位。此外，音乐学系外聘、返聘教授5人、副教授2人、讲师2人。
音乐学系是集教学、科研为一体的单位。目前有山东临沂、陕南紫阳、陕北榆林、关中华县、周至等5个“音乐学教学实习基地”。本系开设了音乐学专业各方向的基础课程和特色课程，担负全院音乐学基础理论课程的教学，同时开展科学研究，是西北地区重要的音乐学教学科研基地。在西安音乐学院，音乐学专业是最早被国务院学位委员会批准的硕士学位授权点之一。硕士研究生教学领域涉及西方音乐史、中国近现代音乐史、音乐美学、中国音乐思想史、中国音乐美学史、民族音乐学、音乐编辑学等方向。
在半个多世纪的发展历史中，许多老前辈为音乐学学科的建设和发展做出了突出贡献，上世纪50年代以来，先后有有冯亚兰、高士杰、李仲唐、蒋咏荷、马慧玲、李武华、李雄飞、张希乾、雷家铣、翟咏、张荣明、王誉声、曲云、王庆梅等老一辈专家的艰苦创业。特别是在音乐学系成立之后，一批卓有成就的专家学者，如罗艺峰教授、方建军教授、王平教授、程天健教授、李宝杰编审、夏滟洲教授、陈惠雯副教授等教师的积极工作，使我系成为我国西部地区卓有影响的音乐学人才培养基地，同时也培养了一大批活跃在国际和国内的音乐学学者和后备人才。
近年来，本系教师先后获得国家新闻出版总局第二届“三个一百”原创图书奖（叶明春专着《中国古代音乐审美观研究》）、国家级教材二等奖（罗艺峰与王耀华合着《音乐鉴赏》）；省级教学成果一等奖（罗艺峰《音乐美学》），人文社会科学研究一等奖（罗艺峰《音乐人类学的大视野》），二等奖（程天健《中国民族音乐概论》、夏滟洲《中国近现代音乐史简编》）等；获得国家级科研项目有冯亚兰主持的《丝绸之路各族音乐研究》、罗艺峰主持的《华南与马来西亚民族音乐比较研究》，省级重点项目有罗艺峰主持的《丝绸之路各族乐器研究》，夏滟洲主持的《先秦音乐思想研究》等。横向科研项目有罗艺峰获得的上海音乐学院音乐研究所《中国音乐思想史研究》、夏滟洲参与承担的国家人文社科年度课题《音乐学新论》（2004）、上海市哲学社会科学项目《音乐学学科规训》（2005）等。本系优势科研课题暨特色课程《西安古乐研究》，是陕西省和本院长期支持的重要科研课题，多次荣获陕西省和院级科研成果奖。20余年来，收集、整理了大量古乐资科，译谱数百首（套），录制出版古乐传统乐曲多首，撰写论文40余篇，出版有《长安古乐谱》（1991）、《长安古乐研究论文选集》（2000）等专着。
2008年，由罗艺峰教授主持的《音乐美学课》被评为陕西省高等学校省级精品课程。同年，由夏滟洲教授主持的《西北各民族传统乐种生态分析实验室建设》获“中央与陕西共建高等学校专项资金”支持立项。作为西安音乐学院重点学科建设丛书，音乐学系硕士学位论文集，于2015年9月结集出版。书中展示了音乐学系近年来在教学与科研方面取得的丰硕成果，涉及到民族音乐学研究、西方音乐史研究、音乐美学研究、音乐编辑学研究等不同领域。主要是：冯亚兰辑译的《长安白道峪兴安禅寺教衍和尚藏抄谱选辑》；高士杰主编的《“神”的光芒“人”的情感——西方音乐史研究文集》；罗艺峰主编的《1994-2004：谐和的同唱——西安音乐学院音乐美学硕士论文选》；李宝杰主编的《音乐编辑学：音乐研究的交叉视阈》；程天健主编的《行乐舞鼓——民族音乐学研究文集》；陈慧雯主编的《歌者远行——民族音乐学研究文集》等。
2016年7月，在西安音乐学院教职工代表大会通过的《西安音乐学院发展规划》（2010—2015）中，音乐学系被学院列为重点发展的，具有核心竞争力的学科之一，音乐学系获得了更大的发展机遇。
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