上海音乐学院民族音乐系在贺绿汀院长加强民族音乐办学思想的倡导下，于 1956 年正式建立。这是国内音乐学院中最早设立的民族音乐专业学科。当时设民族音乐理论、民族乐队指导、戏曲音乐及民族器乐演奏四大专业。着名民族音乐理论 家沈知白 教授担任首任系主任，着名琵琶演奏家、教育家 卫仲乐 教授任副系主任。数年后，民族音乐理论等专业分别归并于音乐学系及作曲指挥系，遂改名为民族器乐系，现名民族音乐系。
多年来，民族音乐系曾经汇聚了中国音乐界的诸多大家，如：沈知白、卫仲乐、陆修棠、孙裕德、王巽之、王乙、金祖礼、陈俊英，陆春龄、胡登跳等、也培养了许多当代中国音乐的名家大师，如：闵惠芬、项斯华、李民雄、夏飞云、王昌元、杨青、阎惠昌等。为传承、研究、发展中国音乐做出了巨大贡献。民族音乐系师资力量雄厚，是我国最早的中国器乐演奏艺术硕士学位授予点。几十年来，在器乐演奏，作曲、理论研究、教学等方面都取得了令人瞩目的重要成就，在中国音乐的各个领域、尤其是演奏专业获得了各类奖项。
民族音乐系具有优秀的学术传统和开放的办学理念，在师资队伍建设、课程设置、人才培养、教学管理等方面都逐渐形成了独特的优势和强势，多门专业都处于国内外先进水平。该系有众多的留学生，现已形成以本科生为主体、以研究生为重点的包括专升本、专科生、单科进修生等多种层次教育构架。民族音乐系目前拥有一个以霍永刚为团长、戴路青为常任指挥的上海音乐学院民族管弦乐团，及多种组合形式的室内乐团。
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