中国戏曲学院音乐专业的本科教学始于1984年的首届作曲班，时称作曲系，系主任为关雅浓先生。1985年，京剧器乐专业开始大专教学并成立音乐系，系主任为吴炳章先生。1987年，作曲系与音乐系合并，统称音乐系。2015年，学院成立京剧系，京剧器乐专业划入京剧系。音乐系目前设有作曲与作曲技术理论、音乐表演、音乐学三个专业，涵盖戏曲作曲、音乐制作、音乐学、民族器乐、音乐教育五个专业方向，其中戏曲作曲专业方向是音乐系最具有传统优势，在全国居于领先地位的特色专业方向。目前设有五个教研室，戏曲作曲、音乐学、音乐制作、民族器乐和基础五个教研室。全系目前共有在校本科学生302名，研究生30余名。
先后担任音乐系主任的有：关雅浓、吴炳章、洪伟、朱维英、海震。现任主任为谢振强、直属党支部书记兼副主任李晓天、副主任牛长虹，主任助理徐锵。
音乐系集聚着一批优秀师资力量，且结构比较合理，现有教师34人，其中具有教授、副教授职称的教师15人，占教师总数的42.9﹪，具有硕士、博士学位的教师22人，占教师总数的65.7﹪。另外，音乐系还定期邀请国内外着名专家、学者来讲学、授课，以开放的办学理念与国内外多所艺术院校建立了密切联系。音乐系培养的戏曲音乐人才遍布全国，许多优秀的毕业生已经成为国家戏曲音乐界的栋梁人才。
在戏曲音乐创作方面，音乐系可谓成就斐然。数十年来本系教师为全国各戏曲院团新编剧目、电视剧作曲，作品累计数百部（首），多部作品获得国家及省部级各类奖项，主要作品有：《蝶恋花》、《对花枪》、《李清照》、《洛神赋》、《樊姬夫人》、《青春之歌》、《靺鞨春秋》、《江竹筠》、《杜十娘》、《三寸金莲 》、《白洁圣妃 》、《契丹英后》、《佘赛花》、《玛祖》、《李亚仙》、《水西遗恨》、《悲惨世界》、《三字经》等。为国家重要演出活动创作的京剧联唱《我是中国人》、《沁园春。雪》、《走进新时代》、《中国京剧》、《钗头凤》、《走向复兴》等在国内产生了重大影响。
在科研与理论研究方面，音乐系教师承担的科研课题主要有：《京剧现代戏音乐创作研究》、《当代京剧音乐家研究》等。出版的专着和教材主要有：《京剧作曲技法》、《京剧唱腔新发展》、《戏曲作曲技法》、《板胡地方风格技巧练习》、《管弦乐队配器法及总谱谱例分析》、《视唱练耳教程》、《中音加键唢呐演奏技法》、《中国经典民歌赏析》、《黄梅戏名段分析》等，充分显示了音乐系教师在科研方面的实力。
近年来，音乐系着力发展研究生教育，培养高端戏曲音乐人才的学科体系化建设已初见端倪。戏曲作曲研究方向主要以研究戏曲作曲理论及技法、多剧种唱腔创作为特色，戏曲音乐理论研究方向以戏曲音乐史论为研究对象，以上两个研究方向在国内具有领先地位。
面向未来，音乐系将继续强化独特发展的定位，加强音乐学基础理论研究，加强戏曲音乐创作研究，积极探索戏曲音乐发展规律，构建中华戏曲音乐理论体系，服务全国戏曲音乐创作，推动戏曲艺术向着体系化、科学化、现代化、国际化的方向迈进，不断推动音乐学学科建设的全面发展。
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